In ordine di tempo, dopo i Frati Conventuali già presenti a Foggia dal 1227 nel Convento sito allora nella periferia della città con Chiesa dedicata a S. Antonio (attualmente è Distretto militare), seguirono, a distanza di quasi tre secoli, i Frati Minori Osservanti. Nel 1510
Sin dal 1888 esisteva a Foggia un’associazione di uomini devoti a S. Luigi che curavano particolare venerazione al Santo dei giovani. Sede iniziale della Pia Unione S. Luigi fu la Chiesa di S. Domenico, ma avvertendo la necessità di dedicare una Chiesa al proprio Santo
I Cappuccini giunsero per la prima volta a Foggia nel 1579. Alcuni nobili e facoltosi della Città, come Cola Zuccaro, realizzarono per i Frati un Convento sorto fuori della Città ai margini del Tratturo Regio Foggia-San Severo (il sito del Convento è l’attuale Parco dell’Iconavetere.
Il primo luogo di culto di quella che poi sarà Foggia fu proprio la Chiesa di San Tommaso. E fu luogo di culto quando chiesa non era ancora, ma una semplice ed isolata taverna, la Taverna del Gufo, o del Bufo (rospo) come altri dicono.
Fuori della Porta Arpana, sulla sinistra del Tratturo Foggia-Candelaro, esisteva una Chiesetta dedicata a S. Giovanni Battista, eretta in tempi remoti. Proprietà della Collegiata di S. Maria di Foggia, fu agli inizi del secolo XVI ceduta in uso o in proprietà all’Ordine di Malta. La