Dopo la morte di Manfredi nel 1266, esattamente 10 anni dopo aver fondato la città di Manfredonia, il Papa Innocenzo IV incoronò re delle due Sicilie Carlo I d’Angiò che era il fratello del re di Francia, Luigi IX; in verità era stato lo stesso Pontefice a ordinare al futuro re di sconfiggere gli eredi dell’imperatore Federico II. Anche Carlo I  nutrì una certa predilezione per Foggia al punto di farne sua residenza. Destinò il palazzo federiciano a rocca di sicurezza e difesa e ne fece costruire un altro vicino alla Chiesa di S.Maria che ritenne Cappella del suo palazzo: in essa fece erigere un altare in onore di S.Biagio e ampliare la sacrestia (sita dov’è ora la Cappella dell’Iconavetere). Nel 1282 fece costruire il campanile della Chiesa e donò alla stessa e quindi alla città di Foggia preziose reliquie (legno della Croce, ossa di S.Giacomo, di S.Luca, di S.Lorenzo M. e di S.Donato V.M.) gelosamente custodite nel Duomo.

La città fu divisa in sei rioni:

– Pittagia: il palazzo reale;

– Santa Maria: chiesa dell’Iconavetere;

– San Tommaso: la chiesa più antica;

– Palazzo dei cambi: chiesa di S.Chiara;

– S.Angelo: attuale Opera S.Michele;

– Maniaporci: zona tra via Le Maestre e l’ospedale vecchio.

e aveva cinque porte:

– Piccola

– Grande

– Reale

– S. Tommaso

– S. Domenico

Un residuo di porta grande è visibile ancora inglobato nell’edificio del museo.

La moneta  d’oro  “Augustales” usata  nel  periodo  svevo fu sostituita dal “Carlino” che ne valeva la quindicesima parte.

Carlo I affidò l’ordinamento delle campagne ai Provisores massariarum, già presenti ai tempi di Federico II, che redigevano la compilazione dell’inventario all’inizio dell’anno rurale, ai primi di settembre. Nel 1284 convocò a Foggia, in Parlamento generale, gli uomini più rappresentativi del regno per fissare, secondo il pensiero di Federico II, una linea di condotta tendente a ridurre il potere dei feudatari e del clero che riteneva il re vassallo del Papa.

A Carlo I d’Angiò, morto a Foggia nel 1285, successe il figlio Carlo II detto lo “zoppo” che fu accolto in maniera festosa dai foggiani subito dopo la sua liberazione dalla prigionia in Sicilia.

Durante il periodo Angioino i feudatari dominavano la società perché non contrastati da una classe borghese da noi ancora troppo debole a differenza di ciò che cominciava ad avvenire nel nord dell’Italia dove il ceto medio era un po’ meno sottomesso: cominciava da allora a verificarsi quella diversità nord-sud che, traendo origine dalla diversità delle popolazioni occupanti, continua ad essere una realtà tuttora irrisolta.

Nei primi anni del 300 ci fu un certo benessere con Roberto d’Angiò, il protettore dei letterati ma è anche il periodo in cui le campagne cominciarono a spopolarsi a causa del brigantaggio sempre più imperante e alla carestia che affliggeva ripetutamente la Capitanata: nel 1322 non piovve per otto mesi consecutivi.

A Re Roberto successe Giovanna I che dichiarò Foggia nel 1342 con tutte le sue rendite “propria e patrimoniale” e al tempo stesso concedette alla stessa città l’intera “Bagliva” con tutte le sue rendite, ossia le gabelle, da esigersi dalle stessa città per suo uso e vantaggio. Nel 1389 fu fondata la prima istituzione di beneficenza per apprestare doti alle ragazze bisognose e dare sussidi ai poveri.

Dopo Giovanna I e Giovanna II, gli Angioini soccombono per opera degli Aragonesi che verranno ben presto ad occupare la città di Foggia.